Sebbene privata della preziosa autonomia, dal punto di vita economico e culturale il XIII e parte del XIV sec. risultano particolarmente proficui per la società amalfitana.
Vengono applicate le tecniche di produzione della carta apprese dal mondo arabo, si incrementa la lavorazione della lana e, nella parte più interna della Valle del Canneto, nel 1361 si installa una delle più antiche Ferriere d’Europa. In campo marittimo e giuridico viene definitivamente introdotto e perfezionato l'uso della bussola, ed il giudice Giovani Augustariccio nel 1274 fissa su carta le “Consuetudines Civitatis Amalfie”. Infine grazie all’azione del cardinale Pietro Capuano e immediatamente dopo dell’arcivescovo Filippo Augustariccio, vengono realizzate notevoli opere pubbliche e monumentali quali: l’Ospedale di S. Maria Cruciferarum, le scuole pubbliche ed un nuovo porto, nonché il Chiostro Paradiso, la Cripta del Duomo, il Campanile ed ultimata la Cattedrale.

Traslazione di S. Andrea codice del XV sec.

Ma la fine è nell’aria;
La guerra tra Angioini ed Aragonesi per il predominio del Regno di Sicilia, non solo blocca i commerci amalfitani, ma addirittura provoca la confisca delle navi a fini bellici. Il colpo di grazia arriva poi con la nuova concorrenza dei commercianti catalani, frattanto che gli Aragonesi subentrano agli Angioini, e soprattutto con la terribile tempesta del 24 novembre del 1343.
Una tempesta di portata eccezionale infatti, investe gran parte del Regno di Napoli, ed in Costiera Amalfitana ingoia quasi un terzo del litorale e tutti i porti; Il Petrarca, in viaggio nel Regno di Napoli, lascia una minuziosa cronaca dell’evento in una nota epistola delle “Familiari”…

Assoggettato a feudo dal 1392 al 1583 il Ducato di Amalfi, assiste avvilito e sconfitto, al susseguirsi quali duchi di Amalfi di esponenti di nobili famiglie straniere quali i Sanseverino, i Colonna, gli Orsini ed infine i Piccolomini.